行政院張前院長於96年6月16日於花蓮主持台30線玉長公路通車典禮，宣布成立「行政院東部聯合服務中心」，並指示在組織及員額精簡前提下，整合行政院相關部會現有資源，以單一窗口方式加強服務東部地區民眾，就近提供便捷之服務並促進區域均衡發展。本中心爰於96年9月29日由陳前總統親自蒞臨揭牌成立運作，有效利用行政院各機關位於東部之辦公室及各項人力、經費等資源，推動各項業務，以積極服務花蓮縣及臺東縣之民眾。
在業務運作模式上，除內政部移民署北區事務大隊花蓮縣服務站、及外交部東部辦事處等2個合署辦公單位由本中心扮演溝通、協調及整合之角色外，依中心設置要點規定，任務編組（屬內部組織；中心具指揮監督權限）設有企劃組、國防服務組、教育組、工商組、交通觀光組、農業組、文化組、勞工服務組、原住民服務組、客家組等10組，分組辦事，積極推動花蓮及臺東跨域治理，充分發揮溝通、協調與整合者之角色與任務。